nsswitch.conf に変更を加えたあとは、キーサーバーを再起動する必要があります。
キーサーバーは、起動時にだけネームサービススイッチ構成ファイルの publickey エントリを参照します。スイッチ構成ファイルを変更しても再起動しない限り、キーサーバーは変更を登録しません。