Il processo Gestione cartella applicazione consente di rimuovere i file dalle cartelle inbox, outbox e data. Oracle Hyperion Financial Data Quality Management, Enterprise Edition consente di specificare un diverso parametro Giorni di conservazione per ciascuna cartella. Se per una determinata cartella non viene specificato questo valore, FDMEE ignora la cartella.
FDMEE controlla inoltre le sottodirectory inbox e outbox nelle rispettive cartelle ed elimina eventuali file. Nella sottodirectory data, FDMEE ignora la directory scripts perché contiene gli script dei clienti.