Questo miglioramento agli strumenti del desktop è stato introdotto nella versione Developer 2/07.
A partire da questa versione, Java DS include il nuovo desktop Gnome 2.16. Il desktop GNOME 2.16 introduce nuove funzioni e migliora l'esperienza di utilizzo e le prestazioni di una serie di applicazioni. Il desktop include le seguenti nuove funzioni:
GTK+ 2.10 fornisce una serie di nuovi widget, temi migliorati, un migliore selettore file e una nuova API di stampa.
L'esperienza relativa ai supporti Plug and Play è stata notevolmente migliorata con l'introduzione degli elementi HAL di Freedesktop.org e di altri elementi collegati nell'ambiente desktop GNOME. È ora possibile inserire un CD/DVD vuoto o collegare un dispositivo di memorizzazione USB e configurare il desktop in modo interattivo.
Per migliorare le funzioni di accesso facilitato è stato integrato nel desktop Orca, un nuovo programma di lettura e ingrandimento dello schermo.
Alacarte, un editor di menu, consente di modificare il layout del menu Apri.
Gksu (GTK+ Authorization) consente di eseguire le applicazioni come un altro utente, o usando i profili RBAC, richiedendo le autorizzazioni necessarie.
L'applet e l'applicazione Controllo del sistema di GNOME consentono di monitorare lo stato del sistema.
Il visualizzatore del log di sistema di GNOME ora consente la visualizzazione e il controllo dei file di log.
Vino consente l'amministrazione remota del desktop di un utente, consentendo all'amministratore di visualizzare in modo esatto ogni aspetto del desktop dell'utente.
In questa versione sono state aggiunte le associazioni Java-Gnome per la piattaforma GNOME, che consentono la scrittura delle applicazioni GNOME e GTK+ in Java. Le associazioni Java e GNOME includono anche il supporto per il sistema WYSIWYG di progettazione dell'interfaccia utente di GNOME, Glade.