*.reg ファイルの M-I 比較 (M-I 差分) はサポートされていません。 インストール時にスナップショットが作成されないので、M-I 比較 (M-I 差分) を実行しても差分は生成されません。 レジストリの変更の差分を取りたい場合は、組み込みのレジストリキータイプを使用することをお勧めします。
