Java Desktop System puede acceder remotamente a un sistema de archivos en los sistemas UNIX y Linux utilizando SMB. El servidor de exportación debe ejecutar Samba o un equivalente para exportar el sistema de archivos remoto. El lado del cliente puede especificar la codificación del sistema de archivos si los datos heredados se almacenan en codificaciones heredadas. La conversión del conjunto de caracteres del nombre del archivo se efectúa automáticamente.