Java Desktop System peut accéder à distance à un système de fichiers sur des systèmes UNIX et Linux via SMB. Le serveur d'exportation doit exécuter Samba ou un programme équivalent pour pouvoir exporter le système de fichiers distant. La partie client peut spécifier le codage du système de fichier si les données héritées sont enregistrées dans des codages hérités. La conversion du jeu de codes du nom de fichier est réalisée automatiquement.