Java Desktop System può accedere in modo remoto ai file system residenti su sistemi UNIX e Linux usando SMB. Il server di esportazione deve eseguire Samba o un'applicazione equivalente per esportare il file system remoto. Il client può specificare la codifica per il file system se i dati sono memorizzati con una vecchia codifica. La conversione del set di codici dei nomi dei file viene eseguita automaticamente.