Le finestre di preferenze permettono di configurare quasi tutte le caratteristiche di Java Desktop System. Ogni finestra controlla una parte specifica del funzionamento di Java Desktop System. Ad esempio, una finestra di preferenze permette di selezionare un tema per Java Desktop System. Un tema è un gruppo di impostazioni coordinate che specifica l'aspetto di una parte dell'interfaccia.
Le finestre di preferenze possono essere aperte nei due modi seguenti:
Fare clic su Apri e scegliere Preferenze. Scegliere la voce desiderata dai sottomenu.
Fare doppio clic sull'oggetto Computer nel desktop. Nella posizione Risorse del computer viene aperta una finestra del browser di file. Fare doppio clic sull'oggetto Preferenze per aprire la finestra corrispondente. Fare doppio clic sulla categoria di interesse.