Comme indiqué précédemment, vous pouvez modifier les paramètres de Configuration Agent à tout moment après l'installation. Vous pouvez lancer l'assistant en tant qu'administrateur par le biais du script Fichiers programme\Sun\Apoc\bin\apoc-config.bat. Vous pouvez également choisir l'entrée Configuration Agent dans le menu Démarrer sous Tous les programmes–Sun–Java Desktop System pour lancer l'assistant de Configuration Agent.
Vous pouvez également démarrer l'assistant sans lancer l'interface graphique. Par exemple, exécutez Fichiers programme\Sun\Apoc\bin\apoc-config -nodisplay pour lancer l'assistant en mode Console.