fstream をいったんクローズし、また別のファイルでオープンすることができます。たとえば、コマンド行で与えられるファイルリストを処理するには次のようにします。
ifstream infile; for (char** f = &argv[1]; *f; ++f) { infile.open(*f, ios::in); ...; infile.close(); }