組織団体ツリーとドメインツリーを使用した作業の考え方は同じです。この 2 つの大きな違いは、組織ツリーがユーザーで構成され、ドメインツリーがホストで構成されることです。ユーザーとホストを 2 つの別々のツリーに置くことによって、Desktop Manager はユーザーベースおよびホストベースの構成を提供することが可能です。
クライアント側では、ユーザーベースの構成設定は、ユーザー名に基づいて組織ツリーから取得されます。ホストベースの構成設定は、ユーザーが現在作業を行なっているホストの IP またはホスト名に基づいて、ドメインツリーから取得されます。ユーザー設定はホスト設定のあとでマージされます。すなわち、ユーザーの設定がホストの設定より優先されます。たとえば、この 2 種類の構成を提供すると、ローミングユーザーはユーザーベースの構成 1 つを使用できるだけでなく、作業中のホストに最適なプロキシ構成を利用することもできます。