Enterprise Server v2 enthielt zwei Unterverzeichnisse für das Anwendungs-Repository: applications/j2ee-apps und applications/j2ee-modules. Diese Unterverzeichnisse sind in Enterprise Server v3 nicht vorhanden (es gibt keine Ebene j2ee-apps oder j2ee-modules). Die Bereitstellung eines eigenständigen Moduls wie foo.war, das in Enterprise Server v2 in applications/j2ee-modules/foo gespeichert war, befindet sich in Enterprise Server v3 nun in applications/foo. Unternehmensanwendungen und eigenständige Module nutzen im Wesentlichen denselben Namensraum gemeinsam, sodass die Zwischenverzeichnisebene nicht benötigt wurde.