In Sun GlassFish Enterprise Server v3 wurden bezüglich des Dateilayouts die folgenden Änderungen gegenüber früheren Versionen vorgenommen:
Das standardmäßige Installationsverzeichnis lautet wie folgt:
Solaris-, Linux- und Mac OS X-Systeme: home-verzeichnis-des-benutzers/glassfishv3
Windows-Systeme: Systemlaufwerk:\glassfishv3
Ein Unterverzeichnis glassfish mit weiteren Unterverzeichnissen wurde hinzugefügt.
Produktbibliotheken wurden aus dem Verzeichnis glassfish/lib in glassfish/modules verschoben.
Das Verzeichnis osgi wurde hinzugefügt.
Ein spezielles Verzeichnis für rechtliche Dateien wurde hinzugefügt. Lizenz- und Copyright-Dateien sind nun im Verzeichnis glassfish/legal abgelegt.
Sun GlassFish Message Queue wird in einem Verzeichnis der obersten Ebene statt wie bisher in einem Unterverzeichnis installiert.
Java DB wird in einem Verzeichnis der obersten Ebene statt wie bisher in einem Unterverzeichnis installiert.