Sun GlassFish Enterprise Server v3 inclut les modifications de structure de fichiers suivantes par rapport aux versions précédentes :
Le répertoire d'installation par défaut est le suivant :
Systèmes Solaris, Linux et Mac OS X : répertoire-personnel-de-l'utilisateur/glassfishv3
Systèmes Windows : unité-système:\glassfishv3
Un sous-répertoire glassfish accompagné de sous-répertoires a été ajouté.
Les bibliothèques du produit ont été déplacées de glassfish/lib à glassfish/modules.
Un répertoire osgi a été ajouté.
Un répertoire dédié aux fichiers juridiques a été ajouté. Les fichiers de licence et de copyright se trouvent désormais dans glassfish/legal.
Sun GlassFish Message Queue est installé dans un répertoire de niveau supérieur et non pas un sous-répertoire.
Java DB est installé dans un répertoire de niveau supérieur et non pas un sous-répertoire.