O Sun GlassFish Enterprise Server v3 inclui as seguintes alterações de layout de arquivo em relação as versões anteriores:
O diretório padrão de instalação é o seguinte:
Sistemas Solaris, Linux, e Mac OS X: diretório principal do usuário /glassfishv3
Sistemas Windows: SystemDrive :\glassfishv3
Um subdiretório glassfish foi adicionado, com outros subdiretórios subjacentes.
As bibliotecas do produto forma movidas de glassfish/lib para glassfish/modules.
Um diretório osgi foi adicionado.
Um diretório designado para arquivos jurídicos foi adicionado. Os arquivos de licença e direito autoral agora estão no glassfish/legal.
A Fila de Mensagens do Sun GlassFish está instalada no diretório do nível superior ao invés de em um subdiretório.
O Java BD está instalado no diretório do nível superior ao invés de em um subdiretório.