同じインストールディレクトリに Enterprise Server (更新ツール付き) を同じデフォルト設定で再インストールして、updatetool コマンドを実行すると、更新ツールがインストールされていないというメッセージが表示され、ツールをインストールするかどうか確認されます。これは Windows システムのみで発生します。
詳細については、課題レポートを参照してください。
アンインストールした後、再インストールの前に残った .org* ディレクトリを手動で削除してください。