Enterprise Server v2 包含两个用于应用程序系统信息库的子目录:applications/j2ee-apps 和 applications/j2ee-modules。Enterprise Server v3 中不存在这些子目录(没有 j2ee-apps 或 j2ee-modules 级别)。在 Enterprise Server v2 中,独立模块(例如 foo.war)部署在 applications/j2ee-modules/foo 之内,如今在 Enterprise Server v3 中,此类模块部署在 applications/foo 之内。企业应用程序和独立模块本质上共享同一名称空间,因此无需中间目录层。