Enterprise Server v2 包含兩個應用程式儲存庫的子目錄:applications/j2ee-apps 和 applications/j2ee-modules。Enterprise Server v3 中並沒有這些子目錄 (沒有 j2ee-apps 或 j2ee-modules 層級)。獨立模組 (例如 foo.war) 的部署在 Enterprise Server v2 中位於 applications/j2ee-modules/foo,現在在 Enterprise Server v3 中則位於 applications/foo。企業應用程式和獨立模組實質上是共用相同的名稱空間,因此不需要中間目錄層。