Desktop-Anwendungen sind weitreichend in das Java Desktop System integriert und sorgen so für Interoperabilität zwischen den Anwendungen. Interoperabiliät umfasst hier die folgenden Funktionen:
Ziehen-und-Ablegen sowie Kopieren und Einfügen von Texten, Grafiken und anderen Elementen zwischen den Anwendungen
Universelle Druckerauswahl unter den im Netzwerk verfügbaren Druckern, einschließlich der Drucker in Windows-Netzwerken
Einzelner Eintrittspunkt für die Verwaltung von Verzeichnissen, Dateien und vernetzten Computern
Direkter Zugriff auf Inhalte in Daten und Dateien durch Starten von Anwendungen für Dateien in E-Mails, Webseiten und im Datei-Manager mit einem Klick