Java Desktop System besitzt die folgenden Interoperabilitätsverbesserungen.
Mithilfe einer Austauschschnittstelle können die E-Mail und die Kalendar-Applikation mit dem Microsoft Exchange-Netzwerk kommunizieren.
Neue Browserfunktionen verbessern die Kompatibilität mit Browsern wie Internet Explorer, die nicht zum Standard zählen.
Samba 3.0 bietet bessere Interoperabilität mit der gemeinsamen Dateinutzung von Windows.