Java Desktop System dispose des améliorations d'interopérabilité suivantes :
Un connecteur Exchange permet aux applications Email et Calendar d'interopérer avec un réseau Microsoft Exchange.
Les fonctions de navigateur améliorent la compatibilité avec les navigateurs non standard tels qu'Internet Explorer.
Samba 3.0 offre une meilleure interopérabilité avec le partage de fichiers Windows.