Java Desktop System contiene i seguenti miglioramenti alle funzioni di interoperabilità.
Un connettore per Exchange consente alle applicazioni di Posta e e calendario di interoperare in una rete Microsoft Exchange.
È stata migliorata la compatibilità con i browser non standard, come Internet Explorer.
Samba 3.0 consente una migliore interoperabilità con le condivisioni di file Windows.