Java Desktop System innehåller följande interoperabilitetsförbättringar.
En Exchange-anslutning gör att programmet E-post och kalender kan fungera med ett Microsoft Exchange-nätverk.
Webbläsarfunktioner förbättrar kompatibiliteten med icke-standardwebbläsare som Internet Explorer.
Med Samba 3.0 förbättras interoperabiliteten med fildelning i Windows.