Java Desktop System은 다음과 같은 강화된 상호 운용성 기능을 제공합니다.
Microsoft Exchange 네트워크와 전자 메일 및 달력 응용프로그램을 함께 사용할 수 있게 해 주는 Exchange 커넥터
Internet Explorer와 같은 비표준 브라우저와의 호환성을 개선하는 브라우저 기능
Windows 파일 공유의 상호 운용성이 개선된 Samba 3.0