Java Desktop System 有下列互通性增強功能。
Exchange 連接器讓電子郵件和行事曆應用程式能夠與 Microsoft Exchange 網路互通。
改進的瀏覽器功能與非標準瀏覽器 (例如:Internet Explorer) 更相容。
Samba 3.0 提供與 Windows 檔案共用間更佳的互通的功能。