以下 URL のドキュメントの「JPDA の拡張機能」で説明されているように、JPDA 自体、多数の新機能が追加されています。
読み取り専用の JDI サブセットが定義されました。このサブセットは、デバッグコードを実行できない debuggee に使用できます (コアファイルや、ハングしているプロセス、デバッグモードで開始されていないプロセスなど)。このサブセットを使用して、このような debuggee のデバッグに使用できる JDI コネクタを作成できます。
コネクタとトランスポート用のサービスプロバイダインタフェースを使用すると、デバッガベンダーや一般ユーザーは、独自の JDI コネクタとトランスポートを作成し、それらを JPDA 参照実装に組み込むことができます。たとえば、デバッガと debuggee 間の通信を行うための SSL を使用するためにコネクタを提供できます。
JDI は、新しい言語機能 (汎用型、列挙、および変数引数) をサポートします。
JPDA の最下層である Java Virtual Machine Debugger Interface (JVMDI) は推奨されていませんでしたが、J2SE の次のメジャーリリースで削除される予定です。これに置き換わるものは、Java Virtual Machine Tool Interface (JVMTI) です。これは、プロファイリング、デバッグとも可能にする、より一般的なインタフェースです。現在のプロファイリングインタフェースである Java Virtual Machine Profiling Interface(JVMPI) も推奨されておらず、次のメジャーリリースで削除される予定です。
JPDA 参照実装には、コアファイルやハングしたプロセスのデバッグを可能にする新しい JDI コネクタが含まれます。
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/docs/ja/guide/jpda/index.html にあるドキュメントを参照してください。