La section Accès aux informations d’initialisation du Guide d’administration de Java Desktop System Configuration Manager Release 1.1 indique que le fichier d'initialisation par défaut appelé policymgr.cfg est installé sous /etc/apoc lors de l'installation de l'interface de ligne de commande. Le fichier policymgr.cfg n'est plus installé. L'utilisateur peut spécifier un fichier d'initialisation avec l'option --file (-f) ou spécifier d'autres options d'initialisation, telles que --base (-b). Sinon, le fichier d'initialisation pgtool.properties situé dans le répertoire personnel de l'utilisateur est utilisé par défaut par l'interface de ligne de commande.