Einige Funktionen können nicht mit FBT instrumentiert werden. Die genaue Natur nicht instrumentierbarer Funktionen ist kennzeichnend für die jeweilige Befehlssatzarchitektur.
Funktionen, die auf x86-Systemen keinen Stack-Frame erzeugen, können nicht mit FBT instrumentiert werden. Da der Registersatz für x86 außerordentlich klein ist, müssen die meisten Funktionen Daten auf den Stapel legen und deshalb einen Stack-Frame erzeugen. Einige x86-Funktionen erzeugen jedoch keinen Stack-Frame und können folglich nicht instrumentiert werden. Die tatsächlichen Zahlen variieren von System zu System. Es lässt sich aber feststellen, dass in der Regel weniger als fünf Prozent der Funktionen auf der x86-Plattform nicht instrumentierbar sind.
In Assemblersprache handcodierte Blattroutinen auf SPARC-Systemen können mit FBT nicht instrumentiert werden. Der Großteil des Kernels ist in C geschrieben, und alle in C geschriebenen Funktionen sind durch FBT instrumentierbar.