Algumas funções não podem ser instrumentadas pelo FBT. A natureza exata das funções não-instrumentáveis é específica da arquitetura do conjunto de instruções.
As funções que não criam um quadro de pilha em sistemas x86 não podem ser instrumentadas por FBT. Como o conjunto de registros de x86 é extraordinariamente pequeno, muitas funções devem colocar dados na pilha e, portanto, criar um quadro de pilha. Entretanto, algumas funções de x86 não criam um quadro de pilha e, portanto, não podem ser instrumentadas. Os números reais variam, mas geralmente menos de 5% das funções não podem ser instrumentadas na plataforma x86.
As rotinas em folha codificadas à mão em linguagem de composição em sistemas SPARC não podem ser instrumentadas por FBT. A maior parte do kernel é escrita em C, e todas as funções escritas em C podem ser instrumentadas por FBT.