Com os sistemas de arquivos tradicionais, a forma como os dados são gravados está inerentemente vulnerável a falhas inesperadas, provocando inconsistências de dados. Como um sistema de arquivos tradicional não é transacional, blocos não referenciados, contagens ruins de link ou outras estruturas de sistema de arquivos inconsistentes são possíveis. A adição de registros de ações resolve alguns destes problemas, porém pode trazer outros problemas quando o registro não puder ser revertido. A única forma para dados inconsistentes existirem no disco em uma configuração ZFS é através de falha do hardware (nesse caso o conjunto deve possuir redundância) ou quando um erro existir no software ZFS.
O utilitário fsck repara problemas conhecidos específicos para sistemas de arquivos UFS. A maioria dos problemas do conjunto de armazenamento do ZFS são relacionados com falhas de hardware ou falhas de energia. Muitos problemas podem ser evitados através da utilização de conjuntos redundantes. Se o conjunto for danificado por falhas de hardware ou queda de energia, consulte Reparando o dano de todo o pool de armazenamento do ZFS.
Se o conjunto não for redundante, haverá sempre a possibilidade de que a corrupção do sistema de arquivos torne alguns ou todos os dados inacessíveis.