Aparte de reparar sistemas de archivos, la utilidad fsck comprueba que los datos en disco no tengan problemas. El procedimiento habitual para esta tarea consiste en desmontar el sistema de archivos y ejecutar la utilidad fsck, seguramente con el sistema en modo monousuario durante el proceso. Esta situación comporta un tiempo de inactividad proporcional al tamaño del sistema de archivos que se comprueba. En lugar de hacer que una determinada utilidad realice la comprobación pertinente, ZFS brinda un mecanismo para ejecutar una comprobación rutinaria de todas las incoherencias. Esta función, denominada limpieza, se suele utilizar en la memoria y en otros sistemas como método para detectar y evitar errores antes de que deriven en errores de hardware o software.