ZFS es un sistema de archivos transaccional. Ello significa que el estado del sistema de archivos siempre es coherente en el disco. Los sistemas de archivos tradicionales sobrescriben datos in situ. Esto significa que, si el equipo se queda sin alimentación (por ejemplo, entre el momento en que un bloque de datos se asigna y cuando se vincula a un directorio), el sistema de archivos se queda en un estado incoherente. En el pasado, este problema se solucionaba mediante el comando fsck. Este comando verificaba el estado del sistema de archivos e intentaba reparar cualquier incoherencia durante el proceso. Este problema de sistemas de archivos incoherentes daba muchos quebraderos de cabeza a los administradores y el comando fsck nunca garantizaba la solución a todos los problemas. Posteriormente, los sistemas de archivos han incorporado el concepto de registro de diario. El registro de diario guarda las acciones en un diario aparte, el cual se puede volver a reproducir con seguridad si el sistema se bloquea. Este proceso supone cargas innecesarias, porque los datos se deben escribir dos veces y a menudo provoca una nueva fuente de problemas (como no poder volver a reproducir correctamente el registro de diario).
Con un sistema de archivos transaccional, los datos se administran mediante la semántica copy on write. Los datos nunca se sobrescriben y ninguna secuencia de operaciones se confirma o ignora por completo. Este mecanismo hace que el sistema de archivos nunca pueda dañarse por una interrupción imprevista de la alimentación o un bloqueo del sistema. Aunque pueden perderse fragmentos de datos escritos más recientemente, el propio sistema de archivos siempre será coherente. Asimismo, siempre se garantiza que los datos sincrónicos (escritos mediante el indicador O_DSYNC) se escriban antes de la devolución, por lo que nunca se pierden.