Leve em consideração os vários tipos de configurações de software do sistema (por exemplo, servidor e sistema independentes) ao dispor os pacotes. Um bom design de empacotamento divide os arquivos afetados para otimizar a instalação de cada tipo de configuração. Por exemplo, o conteúdo dos sistemas de arquivos raiz (/) e /usr deve ser segmentado para que as configurações do servidor possam ser facilmente suportadas.