Se han introducido las mejoras siguientes en las últimas versiones de Proxy Server:
Puede conectarse a una página web compatible con IPv6 por medio de Proxy Server 4.0.6. Proxy Server también admite la extensión ftp de ipv6 en modo predeterminado (pasivo).
Proxy Server 4.0.5 admite los servicios de seguridad de red Network Security Services (NSS) 3.11.7 y Netscape Portable Runtime (NSPR) 4.6.4.
Desde la versión Proxy Server 4.0.2, el programa de instalación permite la actualización de una instalación existente de Proxy Server 4.0 a la versión más reciente. Para las instalaciones Java Enterprise System de Proxy Server 4.0.1, necesita instalar los parches que correspondan a la última versión.
Proxy Server 4.0.6 proporciona compatibilidad con el acelerador de hardware de Sun TM Crypto Accelerator 6000, una tarjeta aceleradora de cifrado que mejora el rendimiento de SSL en el servidor proxy.