/usr/lib/pt_chmod でのファイルのアクセス権の設定が正しくありません。次のように設定されていたとします。
# ls -la /usr/lib/pt_chmod ---s--x--x 1 bin bin 3120 May 3 1996 |
# ls -la /usr/lib/pt_chmod ---s--x--x 1 root bin 3120 May 3 1996 |
所有者として bin を設定していましたが、root にする必要があります。setuid ビットも設定する必要があります。
chown root pt_chomd で問題を解決できます。