ウィンドウ・フォアグラウンド、データ領域のフォアグラウンドとバックグラウンドに変更を行った場合、XView がこれらのリソースに応答しないことがあります。
XView アプリケーションに関しては、$HOME/.Xdefaults 内の window.color.foreground と window.color.background を手動で設定してみてください。