passwd コマンドで root のパスワードを変更した場合は、その直後に chkey -p を実行する必要があります。chkey -p を実行しないと、root で正しくログインできなくなります。
root のパスワードの変更手順は以下のとおりです。
root でログインします。
passwd コマンドで root のパスワードを変更します。nispasswd は使用しないでください。
chkey -p を実行します。
必ず -p オプションを使用します。