nsswitch.conf を変更した場合、キーサーバーを再起動する必要があります。
キーサーバーは、起動時にだけネームサービススイッチ構成ファイルの publickey エントリを参照します。つまり、スイッチ構成ファイルを更新しても、再起動しない限りキーサーバーはそのことを認識しないということになります。