nsswitch.conf に変更を加えた後は、キーサーバーを再起動する必要があります。
キーサーバーは、起動時にだけネームサービススイッチ構成ファイルの publickey エントリを参照します。つまり、スイッチ構成ファイルを更新しても再起動しない限り、キーサーバーは publickey への変更を認識しないということになります。