ソースファイルは、マスターサーバーの /etc ディレクトリか、その他のディレクトリにあります。ソースファイルを /etc に入れることは望ましくありません。マップの内容がマスターサーバー上のローカルファイルの内容と同じになるからです。これは passwd ファイルと shadow ファイルに固有の問題です。ユーザー全員がマスターサーバーのマップにアクセスし、passwd マップを通じてすべての YP クライアントに root パスワードが渡されるためです。詳細については、passwd ファイルと名前空間のセキュリティを参照してください。
ただし、ソースファイルを他のディレクトリに入れた場合は、/var/yp 内の Makefile の DIR=/etc 行を DIR=/your-choice に変更する必要があります。your-choice はソースファイルを格納するためのディレクトリの名前です。これによって、サーバー上のローカルファイルをクライアント上のファイルのように扱うことができます。 Makefile を編集する前に、編集前の Makefile のコピーを保存しておくことをお勧めします。
また、audit_user、auth_attr、exec_attr、prof_attr がデフォルト以外のディレクトリから取り出される場合は、RBACDIR=/etc/security を RBACDIR=your-choice に変更します。your-choice は取り出し元のディレクトリの名前です。