No debería modificar el ajuste predeterminado en el archivo domain.xml para el atributo application-root.
El atributo application-root del elemento de dominio contenido en el archivo domain.xml está pensado para especificar el lugar en el que el servidor expandirá los archivos de aplicación cuando el usuario los implemente.
Actualmente, no todos los lugares de Enterprise Server v3 Prelude que deberían utilizar este atributo lo hacen. Algunos usos del atributo asumen que las aplicaciones van a expandirse en ${com.sun.aas.instanceRoot}/applications.