Solución

1. Instale la actualización in situ en el modo CLI y salga cuando el instalador le pida que seleccione la herramienta de actualización al final del proceso de instalación. Si hace lo indicado, no se eliminará ninguno de los dominios presentes en el directorio de dominios. La herramienta de actualización debería invocarse manualmente desde el directorio bin.

2. Si instala la actualización in situ en el modo GUI, haga una copia de seguridad de los dominios que se encuentren en la raíz de dominios para evitar perder alguno en el proceso. Al final del proceso de instalación, salga cuando el instalador le pida que invoque la herramienta de actualización. Copie en el directorio de dominios las copias de seguridad de los dominios que se hayan perdido. Inicie la herramienta de actualización manualmente para hacer una actualización.