JDK 6 Update 12 (1.6.0_12) にアップグレードしたあと、Performance Monitor の「アプリケーション」ウィンドウにアプリケーションが表示されなくなります。この問題は、Performance Monitor が JDK 6 Update 11 以前を実行していても、システム上のいずれかのアプリケーションが JDK 6 Update 12 を実行していると発生します。
回避方法: JDK 6 Update 12 をアンインストールして、JDK 6 Update 11 (1.6.0_11) に戻します。