Le nettoyage de la base de données WINS est une tâche administrative liée à la sauvegarde de la base de données. Comme toutes les bases de données, la base de données des mappages d'adresse du serveur WINS doit être régulièrement nettoyée.
Il est conseillé d'effacer régulièrement de la base de données WINS locale les entrées relâchées et les entrées anciennes qui ont été enregistrées sur un autre serveur WINS puis dupliquées sur le serveur WINS local, mais qui pour une raison quelconque n'ont pas été supprimées de la base de données WINS locale.