Sun N1 Grid Engine 6.1 インストールガイド

ソフトウェアのアップグレードについて

このアップグレードの処理は非破壊的です。アップグレード手順を実行すると、以前のバージョンのソフトウェアのクラスタ構成情報を利用して、マスターホスト上に N1 Grid Engine 6.1 ソフトウェアがインストールされます。以前のバージョンのソフトウェアが削除されたり、変更されたりするわけではありません。

注 –

LD_LIBRARY_PATH 変数は N1 Grid Engine 6.1 ソフトウェアで設定されません。6.1 のインストールを開始する前に、現在の LD_LIBRARY_PATH の設定を 6.0 から削除してください。

アップグレード手順を開始する前に、既存の sge-root/sge-cell/common/settings.sh または sge-root/sge-cell/common/settings.csh ファイルを取り込んでいることを確認してください。

アップグレードには、次の 2 つの方法があります。

従来型または Berkeley DB スプールを使用した 6.1 へのアップグレード
Berkeley DB サーバースプールを使用した 6.1 へのアップグレード

従来型または Berkeley DB スプールを使用して 6.1 ソフトウェアにアップグレードする方法

クラスタをバックアップします。

クラスタを停止します。

次のコマンドを入力します。
% qconf -ke all -ks -km

新しいバイナリを $SGE_ROOT ディレクトリに展開します。

古いファイルを新しいファイルで置き換えます。

アップグレード手順を開始します。

次のコマンドを入力します。
% ./inst_sge -upd
説明に従い、表示された質問に回答してください。この更新では、rc ファイルと設定ファイルが再作成されます。

クラスタを再起動します。

sgemaster と sgeexecd の各 rc ファイルを使用します。

アップグレードが完了します。

Berkeley DB サーバーを使用して 6.1 ソフトウェアにアップグレードする方法

64 ビット SPARC のみ –

64 ビット Solaris システムでは、64 ビット Berkeley DB サーバーを使用できませんでした。代わりに、32 ビットサーバーが使用されていました。バックアップまたは復元を行うには、32 ビットの db_dump および db_load バイナリを推奨します。Solaris の 32 ビットパッケージもインストールする必要があります。6.0 Update 9 よりも前のすべての N1 Grid Engine リリースおよびパッチでは、./inst_sge -bup コマンドを使用してバックアップを行なってください。N1 Grid Engine 6.0 Update 10 では libdb-4.2.so ファイルが検索されますが、このファイルはありません。その結果、バックアップに失敗します。その場合は、バックアップが機能するように次のコマンドを入力します。

% touch $SGE_ROOT/lib/sol-sparc/libdb-4.2.so

クラスタをバックアップします。

クラスタを停止します。

次のコマンドを入力します。
% qconf -ke all -ks -km

Berkeley DB サーバーを停止します。

次のコマンドを入力します。
% sgebdb stop

新しいバイナリを $SGE_ROOT ディレクトリに展開します。

古いファイルを新しいファイルで置き換えます。

クラスタ構成を復元します。

アップグレード手順を開始します。

次のコマンドを入力します。
% ./inst_sge -upd
説明に従い、表示された質問に回答してください。この更新では、rc ファイルと設定ファイルが再作成されます。

クラスタを再起動します。

sgemaster と sgeexecd の各 rc ファイルを使用します。

Berkeley DB サーバー、マスターホスト、および実行ホストを再起動します。

アップグレードが完了します。

ソフトウェアを 5.3 から 6.0 Update 2 にアップグレードする方法

始める前に

「インストールの計画」で、アップグレードに必要な情報を確認してください。「ユーザー名」の説明に従って管理ユーザーを使用する場合、ここで管理ユーザーを作成します。この手順は、「ワークステーションへの配布ファイルの読み込み」の説明に従って、Grid Engine ソフトウェアがすでに抽出されていることを想定しています。

注 –

N1 Grid Engine 6.0 ソフトウェアは以前のバージョンの Grid Engine ソフトウェアと並行して実行できますが、実行中のジョブが存在しない状態でアップグレード手順を実行することをお勧めします。

root としてマスターホストにログインします。

配布ファイルを読み込みます。

詳細は、「ワークステーションへの配布ファイルの読み込み」を参照してください。

次のように入力して、$SGE_ROOT 環境変数が設定されていることを確認します。
# echo $SGE_ROOT
- $SGE_ROOT 環境変数が設定されていない場合は、次のように入力して設定します。
  # SGE_ROOT=sge-root; export SGE_ROOT

インストールディレクトリ sge-root に移動します。
- インストールファイルが格納されているディレクトリをマスターホストから認識できる場合は、インストールディレクトリ sge-root にディレクトリを移動 (cd) し、手順 4 に進みます。
- 該当するディレクトリを認識できない場合は、次のようにします。
  1. マスターホスト上にローカルのインストールディレクトリ sge-root を作成します。
  2. ネットワークからローカルインストールディレクトリ sge-root にインストールファイルをコピーします。たとえば、ftp や rcp を使用します。
  3. ローカルの sge-root ディレクトリに移動します (cd)。

マスターホスト上でアップグレードコマンドを実行し、プロンプトに応答します。

このコマンドにより、マスターホストインストール手順が開始されます。表示される質問に対して回答を入力し、いくつかの管理アクションを実行する必要があります。

アップグレードコマンドの構文は次のとおりです。

inst_sge -upd 5.3-sge-root-directory 5.3-cell-name

次の例では、5.3 sge-root ディレクトリは /sge/gridware、セル名は default です。

# ./inst_sge -upd /sge/gridware default
Welcome to the Grid Engine Upgrade
----------------------------------

Before you continue with the installation please read these hints:

   - Your terminal window should have a size of at least
     80x24 characters

   - The INTR character is often bound to the key Ctrl-C.
     The term >Ctrl-C< is used during the upgrade if you
     have the possibility to abort the upgrade

The upgrade procedure will take approximately 5-10 minutes.
After this upgrade you will get a running qmaster and schedd with
the configuration of your old installation. If the upgrade was
successfully completed it is necessary to install your execution hosts
with the install_execd script.

Hit <RETURN> to continue >>

管理アカウントを持つユーザーを選択します。

次の例では、sge-root の値は /opt/n1ge6、管理ユーザーは sgeadmin です。

Grid Engine admin user account
------------------------------

The current directory

   /opt/n1ge6

is owned by user

   sgeadmin

If user >root< does not have write permissions in this directory on *all*
of the machines where Grid Engine will be installed (NFS partitions not
exported for user >root< with read/write permissions) it is recommended to
install Grid Engine that all spool files will be created under the user id
of user >sgeadmin<.

IMPORTANT NOTE: The daemons still have to be started by user >root<.

Do you want to install Grid Engine as admin user >sgeadmin< (y/n) [y] >>

sge-root ディレクトリの設定を確認します。

次の例では、sge-root の値は /opt/n1ge6 です。

Checking $SGE_ROOT directory
----------------------------

The Grid Engine root directory is:

   $SGE_ROOT = /opt/n1ge6

If this directory is not correct (e.g. it may contain an automounter
prefix) enter the correct path to this directory or hit <RETURN>
to use default [/opt/n1ge6] >>

Grid Engine ソフトウェアに TCP/IP サービスを設定します。

TCP/IP サービスが未設定の場合はその旨通知されます。

Grid Engine TCP/IP service >sge_qmaster<
----------------------------------------

There is no service >sge_qmaster< available in your >/etc/services< file
or in your NIS/NIS+ database.

You may add this service now to your services database or choose a port number.
It is recommended to add the service now. If you are using NIS/NIS+ you should
add the service at your NIS/NIS+ server and not to the local >/etc/services<
file.

Please add an entry in the form

   sge_qmaster <port_number>/tcp

to your services database and make sure to use an unused port number.

Please add the service now or press <RETURN> to go to entering a port number >>

新しい端末セッションを開始またはウィンドウを開き、情報ファイル /etc/services または NIS マップを追加します。

「ネットワークサービス」の説明に従って、/etc/services ファイルまたは NIS サービスマップに適切なポートを追加します。

次に /etc/services ファイルの編集例を示します。
... sge_qmaster 536/tcp sge_execd 537/tcp
注 –
この例では、/etc/services に、sge_qmaster と sge_execd の両方のエントリが追加されます。以降の手順では、この両方のエントリが追加されているものとして説明を進めます。

変更を保存します。

インストールスクリプトの実行ウィンドウに戻ります。

Please add the service now or press <RETURN> to go to entering a port number >>

<RETURN> キーを押します。次の内容が出力されます。

sge_qmaster 536

Service >sge_qmaster< is now available.

Hit <RETURN> to continue >>

Grid Engine TCP/IP service >sge_execd<
--------------------------------------

Using the service

   sge_execd

for communication with Grid Engine.

Hit <RETURN> to continue >>

セル名を入力します。

Grid Engine システムセルの使用方法については、「セル」を参照してください。

Grid Engine cells
-----------------

Grid Engine supports multiple cells.

If you are not planning to run multiple Grid Engine clusters or if you don't
know yet what is a Grid Engine cell it is safe to keep the default cell name

   default

If you want to install multiple cells you can enter a cell name now.

The environment variable

   $SGE_CELL=<your_cell_name>

will be set for all further Grid Engine commands.

Enter cell name [default] >>

セルを使用する場合は、ここでセル名を入力します。

セルを使用しない場合は、<RETURN> キーを押して続行します。
Using cell >default<. Hit <RETURN> to continue >>

<RETURN> キーを押して続行します。

スプールディレクトリを指定します。

スプールディレクトリのディスク容量の要件については、「必要なディスク容量」を参照してください。スプールディレクトリの場所については、「ルートディレクトリの下のスプールディレクトリ」を参照してください。

Grid Engine qmaster spool directory
-----------------------------------

The qmaster spool directory is the place where the qmaster daemon stores
the configuration and the state of the queuing system.

The admin user >sgeadmin< must have read/write access
to the qmaster spool directory.

If you will install shadow master hosts or if you want to be able to start
the qmaster daemon on other hosts (see the corresponding sectionin the
Grid Engine Installation and Administration Manual for details) the account
on the shadow master hosts also needs read/write access to this directory.

The following directory

[/opt/n1ge6/default/spool/qmaster]

will be used as qmaster spool directory by default!

Do you want to select another qmaster spool directory (y/n) [n] >>

デフォルトのスプールディレクトリを使用する場合は、<RETURN> キーを押して続行します。

その他のディレクトリをスプールディレクトリとして使用する場合、y を入力します。

次の例では、マスターホストスプールディレクトリとして /my/spool ディレクトリを指定します。
Do you want to select another qmaster spool directory (y/n) [n] >> y Please enter a qmaster spool directory now! >>/my/spool

適切なファイルアクセス権を設定します。

Verifying and setting file permissions
--------------------------------------

Did you install this version with >pkgadd< or did you already
verify and set the file permissions of your distribution (y/n) [y] >> n

Verifying and setting file permissions
--------------------------------------

We may now verify and set the file permissions of your Grid Engine
distribution.

This may be useful since due to unpacking and copying of your distribution
your files may be unaccessible to other users.

We will set the permissions of directories and binaries to

   755 - that means executable are accessible for the world

and for ordinary files to

   644 - that means readable for the world

Do you want to verify and set your file permissions (y/n) [y] >> y

Verifying and setting file permissions and owner in >3rd_party<
Verifying and setting file permissions and owner in >bin<
Verifying and setting file permissions and owner in >ckpt<
Verifying and setting file permissions and owner in >examples<
Verifying and setting file permissions and owner in >install_execd<
Verifying and setting file permissions and owner in >install_qmaster<
Verifying and setting file permissions and owner in >mpi<
Verifying and setting file permissions and owner in >pvm<
Verifying and setting file permissions and owner in >qmon<
Verifying and setting file permissions and owner in >util<
Verifying and setting file permissions and owner in >utilbin<
Verifying and setting file permissions and owner in >catman<
Verifying and setting file permissions and owner in >doc<
Verifying and setting file permissions and owner in >man<
Verifying and setting file permissions and owner in >inst_sge<
Verifying and setting file permissions and owner in >bin<
Verifying and setting file permissions and owner in >lib<
Verifying and setting file permissions and owner in >utilbin<

Your file permissions were set

Hit <RETURN> to continue >>

すべての Grid Engine システムホストが単一の DNS ドメインにあるかどうかを指定します。

Select default Grid Engine hostname resolving method
----------------------------------------------------

Are all hosts of your cluster in one DNS domain? If this is
the case the hostnames

   >hostA< and >hostA.foo.com<

would be treated as eqal, because the DNS domain name >foo.com<
is ignored when comparing hostnames.

Are all hosts of your cluster in a single DNS domain (y/n) [y] >>

すべての Grid Engine システムホストが単一の DNS ドメインにある場合は、y を入力します。

Are all hosts of your cluster in a single DNS domain (y/n) [y] >> y 

Ignoring domainname when comparing hostnames.

Hit <RETURN> to continue >>

一部の Grid Engine システムホストが別の DNS ドメインにある場合、n を入力します。

Are all hosts of your cluster in a single DNS domain (y/n) [y] >> n 

The domainname is not ignored when comparing hostnames.

Hit <RETURN> to continue >>

Default domain for hostnames
----------------------------

Sometimes the primary hostname of machines returns the short hostname
without a domain suffix like >foo.com<.

This can cause problems with getting load values of your execution hosts.
If you are using DNS or you are using domains in your >/etc/hosts< file or
your NIS configuration it is usually safe to define a default domain
because it is only used if your execution hosts return the short hostname
as their primary name.

If your execution hosts reside in more than one domain, the default domain
parameter must be set on all execution hosts individually.

Do you want to configure a default domain (y/n) [y] >>

<RETURN> キーを押して続行します。

デフォルトドメインを指定する場合、y を入力します。

次の例では、デフォルトドメインとして sun.com が指定されています。

Do you want to configure a default domain (y/n) [y] >> y


Please enter your default domain >> sun.com

Using >sun.com< as default domain. Hit <RETURN> to continue >>

デフォルトドメインを指定しない場合、n を入力します。

次の例では、デフォルトドメインとして sun.com が指定されています。
Do you want to configure a default domain (y/n) [y] >> n

<RETURN> キーを押して続行します。

Making directories
------------------

creating directory: default/common
creating directory: /opt/n1ge6/default/spool/qmaster
creating directory: /opt/n1ge6/default/spool/qmaster/job_scripts
Hit <RETURN> to continue >>

従来のスプール方式を使用するか、Berkeley DB スプール方式を使用するかを指定します。

必要なスプール機構の特定方法については、「データベースサーバーとスプールホスト」を参照してください。

Setup spooling
--------------
Your SGE binaries are compiled to link the spooling libraries
during runtime (dynamically). So you can choose between Berkeley DB 
spooling and Classic spooling method.
Please choose a spooling method (berkeleydb|classic) [berkeleydb] >>

Berkeley DB スプール方式を指定する場合、<RETURN> キーを押して続行します。

Please choose a spooling method (berkeleydb|classic) [berkeleydb] >>

The Berkeley DB spooling method provides two configurations!

1) Local spooling:
The Berkeley DB spools into a local directory on this host (qmaster host)
This setup is faster, but you can't setup a shadow master host

2) Berkeley DB Spooling Server:
If you want to setup a shadow master host, you need to use
Berkeley DB Spooling Server!
In this case you have to choose a host with a configured RPC service.
The qmaster host connects via RPC to the Berkeley DB. This setup is more
failsafe, but results in a clear potential security hole. RPC communication
(as used by Berkeley DB) can be easily compromised. Please only use this
alternative if your site is secure or if you are not concerned about
security. Check the installation guide for further advice on how to achieve
failsafety without compromising security.

Do you want to use a Berkeley DB Spooling Server? (y/n) [n] >>

Berkeley DB スプールサーバーを使用する場合、y を入力します。

Do you want to use a Berkeley DB Spooling Server? (y/n) [n] >> y

Berkeley DB Setup

-----------------
Please, log in to your Berkeley DB spooling host and execute "inst_sge -db"
Please do not continue, before the Berkeley DB installation with
"inst_sge -db" is completed, continue with <RETURN>

注 –

Berkeley DB がスプールサーバーに完全にインストールされるまで、<RETURN> キーを押さないでください。

新しい端末セッションを開始またはウィンドウを開きます。

スプールサーバーにログインします。

「Berkeley DB スプールサーバーをインストールする方法」の説明に従ってソフトウェアをインストールします。

ソフトウェアがスプールサーバーにインストールされたら、マスターインストールウィンドウに戻り、<RETURN> キーを押して続行します。

スプールサーバー名を入力します。

次の例の vector は、スプールサーバーのホスト名です。

Berkeley Database spooling parameters
-------------------------------------

Please enter the name of your Berkeley DB Spooling Server! >> vector

スプールディレクトリの名前を入力します。

次の例では、/opt/n1ge6/default/spooldb になっています。

Please enter the Database Directory now!

Default: [/opt/n1ge6/default/spooldb] >> 
Dumping bootstrapping information
Initializing spooling database

Hit <RETURN> to continue >>

Berkeley DB スプールサーバーを使用しない場合、n を入力します。

Do you want to use a Berkeley DB Spooling Server? (y/n) [n] >> n


Hit <RETURN> to continue >>

Berkeley Database spooling parameters
-------------------------------------

Please enter the Database Directory now, even if you want to spool locally
it is necessary to enter this Database Directory. 

Default: [/opt/n1ge6/default/spool/spooldb] >>

その他のディレクトリを指定するか、<RETURN> キーを押して続行します。

creating directory: /opt/n1ge6/default/spool/spooldb
Dumping bootstrapping information
Initializing spooling database

Hit <RETURN> to continue >>

従来のスプール方式を指定する場合は、classic と入力します。

Please choose a spooling method (berkeleydb|classic) [berkeleydb] >> classic

Dumping bootstrapping information
Initializing spooling database

Hit <RETURN> to continue >>

グループ ID 範囲を入力します。

詳細は、「グループ ID」を参照してください。

Grid Engine group id range
--------------------------

When jobs are started under the control of Grid Engine an additional group id
is set on platforms which do not support jobs. This is done to provide maximum
control for Grid Engine jobs.

This additional UNIX group id range must be unused group id's in your system.
Each job will be assigned a unique id during the time it is running.
Therefore you need to provide a range of id's which will be assigned
dynamically for jobs.

The range must be big enough to provide enough numbers for the maximum number
of Grid Engine jobs running at a single moment on a single host. E.g. a range
like >20000-20100< means, that Grid Engine will use the group ids from
20000-20100 and provides a range for 100 Grid Engine jobs at the same time
on a single host.

You can change at any time the group id range in your cluster configuration.

Please enter a range >> 20000-20100

Using >20000-20100< as gid range. Hit <RETURN> to continue >>

実行デーモンのスプールディレクトリを確認します。

スプールの詳細は、「ルートディレクトリの下のスプールディレクトリ」を参照してください。

Grid Engine cluster configuration
---------------------------------

Please give the basic configuration parameters of your Grid Engine
installation:

   <execd_spool_dir>

The pathname of the spool directory of the execution hosts. User >sgeadmin<
must have the right to create this directory and to write into it.

Default: [/opt/n1ge6/default/spool] >>

問題の報告を受信するユーザーの電子メールアドレスを入力します。

この例では、me@my.domain と入力します。

Grid Engine cluster configuration (continued)
---------------------------------------------

<administator_mail>

The email address of the administrator to whom problem reports are sent.

It's is recommended to configure this parameter. You may use >none<
if you do not wish to receive administrator mail.

Please enter an email address in the form >user@foo.com<.

Default: [none] >> me@my.domain

この質問に回答したら、インストールは完了です。スクリプトの終了前にいくつかの情報画面が表示されます。これらの画面に表示されるコマンドは、この章にも記載されています。

アップグレード処理では、インストールをカスタマイズするため、既存の構成を利用します。次のような内容が出力されます。

Creating >act_qmaster< file
Creating >sgemaster< script
Creating >sgeexecd< script
creating directory: /tmp/centry
Reading in complex attributes.
Reading in administrative hosts.
Reading in execution hosts.
Reading in submit hosts.
Reading in users:
    User "as114086".
    User "md121042".
Reading in usersets:
    Userset "defaultdepartment".
    Userset "deadlineusers".
    Userset "admin".
    Userset "bchem1".
    Userset "bchem2".
    Userset "bchem3".
    Userset "bchem4".
    Userset "damtp7".
    Userset "damtp8".
    Userset "damtp9".
    Userset "econ1".
    Userset "staff".
Reading in calendars:
    Calendar "always_disabled".
    Calendar "always_suspend".
    Calendar "test".
Reading in projects:
    Project "ap1".
    Project "ap2".
    Project "high".
    Project "low".
    Project "p1".
    Project "p2".
    Project "staff".
Reading in parallel environments:
    PE "bench_tight".
    PE "make".
Creating settings files for >.profile/.cshrc<

注意 –

ディストリビューションのバイナリの名前を変更してはいけません。クラスタ内でデーモンを監視するスクリプトやツールを使用している場合、新しい名前がないかチェックしてください。

Grid Engine ソフトウェアで使用する環境変数を作成します。

注 –
インストール時にセル名が指定されていない場合、cell の値は default になります。
- C シェルを使用している場合、次のコマンドを入力します。
  % source sge-root/cell/common/settings.csh
- Bourne シェルまたは Korn シェルを使用している場合、次のコマンドを入力します。
  $ . sge-root/cell/common/settings.sh

実行ホストをインストールまたはアップグレードします。

実行ホストに N1 Grid Engine 6.1 ソフトウェアをインストールするには、インストールまたはアップグレードの 2 つの方法があります。実行ホストをインストールする場合、ローカルスプールディレクトリ構成およびいくつかの execd パラメータが上書きされます。実行ホストをアップグレードする場合、これらのファイルはそのままの状態で保持されます。
- 実行ホスト上でソフトウェアをアップグレードします。
  
  各実行ホストにログインし、次のコマンドを実行する必要があります。
  # sge-root/inst_sge -x -upd
- 実行ホスト上でソフトウェアをインストールします。
  1. 実行ホストの数が少ない場合は、対話方式でインストールできます。
    
    各実行ホストにログインし、次のコマンドを実行する必要があります。
    # sge-root/inst_sge -x
    実行ホストの対話型インストールの手順については、「実行ホストをインストールする方法」を参照してください。
  2. 実行ホストの数が多い場合は、対話方式以外でインストールします。
    
    実行ホストの自動インストールの手順については、「inst_sge ユーティリティーと構成テンプレートの使用」を参照してください。

実行ホスト上に負荷センサーが構成されている場合、これらの負荷センターを新しいディレクトリにコピーする必要があります。

コンプレックスをチェックします。

コンプレックスの構造と、コンプレックスの構成規則の両方が変更されています。コンプレックスを一覧するには、qconf -sc コマンドを使用します。マスターホストのアップグレード中に生成されたログファイル update.pid を検査します。なお、update.pid ファイルは、マスターホストスプールディレクトリ (デフォルトは sge-root/cell/spool/) に格納されます。

必要に応じて、qconf -mc コマンドを使用して、コンプレックスを再構成できます。詳細は、『Sun N1 Grid Engine 6.1 管理ガイド』の第 3 章「コンプレックスリソース属性の構成」を参照してください。

キューを再構成します。

アップグレード中に、デフォルトのクラスタキューが 1 つ作成されます。このキューから、インストール済みのすべての実行ホストを確認できます。キューを再構成することをお勧めします。詳細は、『Sun N1 Grid Engine 6.1 管理ガイド』の「キューの構成」を参照してください。