すべてのジョブ間で調整を行う 4 つのポリシー以外に、Grid Engine ソフトウェアではユーザーが自分のジョブ間の優先順位を設定できる場合もあります。複数のジョブを発行したユーザーは、たとえば、ジョブ 3 が一番重要で、ジョブ 1 と 2 の重要度は同じだが、ジョブ 3 よりは重要ではないなどと指定することができます。
ジョブの優先順位は、QMON Submit Job パラメータ Priority または qsub -p オプションを使用して設定します。1024 (最低) から 1023 (最高) の優先順位範囲を指定できます。優先順位によって、同時に 1 人のユーザーの複数のジョブがシステム内に存在する場合に、どのようにしてそのユーザーのジョブから選択を行うかがスケジューラに伝えられます。特定のジョブに割り当てられる相対的な重要度は、ユーザーのジョブに対して指定された最高と最低の優先順位、および特定のジョブの優先順位によって異なります。