La estructura de directorios de la instalación de Message Queue en Windows se ha modificado con respecto a versiones anteriores, para que sea igual que en la plataforma AIX. En el futuro, esta estructura de directorios se utilizará también en Solaris y Linux para facilitar el uso de varias instalaciones en un único equipo y las actualizaciones automáticas de Message Queue mediante Sun Connection; un servicio de Sun que facilita el control, la organización y el mantenimiento de hardware y software de Sun (consulte Compatibilidad del instalador con el registro en Sun Connection).