Apache JenaのAPIと連携する外部OWL推論システムがいくつかあります。PelletをApache JenaのAPIと併用する方法は、Webページhttp://clarkparsia.com/pellet/faq/using-pellet-in-jena/で説明されています。

Apache Jenaの推論システムとして、TrOWLも使用できます。詳細は、http://trowl.eu/を参照してください。