柔軟な構成を有効にできるのは、選択した補助元帳アプリケーションのみですか。

いいえ。「会計ハブ・クラウド・サービスのエンド・ツー・エンド・フローの柔軟な構成」機能を有効にした場合、その機能はすべての補助元帳アプリケーションに適用されます。