Webサービス・ファイルを削除する必要があるか確認してください。ファイルをいったん削除すると、JDeveloperからもファイル・システムからも利用できなくなります。
web.xmlファイル内にあるWebサービスへの参照も削除されます。
web.xml
関連項目
Webサービスの削除
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